Per quanto concerne gli ambiti operativi in cui si iscrivono le attività InnovaPuglia, essi sono in gran parte coincidenti con la programmazione dei Fondi Europei.

L'attivazione operativa delle Linee di Intervento 1.3 (Infrastrutture) e 1.5 (Servizi Pubblici Digitali) del PO FESR2007-2013 ha rappresentato il quadro entro cui sono stati attivati gli sviluppi progettuali di InnovaPuglia, con il contributo del FSE e del FEASR per quanto concerne i sistemi di monitoraggio dei rispettivi Fondi (MIR e PSR) e dell'APQ SdI (fondi nazionali) per i progetti già affidati a Tecnopolis.  Il principale riferimento diventa quindi il Piano Pluriennale di Attuazione (PPA) dell'Asse I del PO FESR 2007-2013 approvato con Deliberazione della Giunta regionale n. 749 del 7 maggio 2029.

Nell'area Infrastrutture si menzionano per esempio il Progetto Larga banda nelle Aree Industriali e il Progetto del Centro Tecnico RUPAR, mentre, come si è visto, nell'area dei Servizi Pubblici Digitali il numero di progetti è veramente elevato. L'attività di InnovaPuglia in questo quadro non si limita solo alla realizzazione operativa di progetti ma riguarda anche il livello strategico, stante il fatto che lo Statuto prevede "il supporto tecnico alla PA regionale per la definizione, realizzazione e gestione di progetti di innovazione basata sulle ICT per la PA regionale, nonché il supporto alla programmazione strategica regionale a sostegno dell'innovazione>".

Il ruolo di InnovaPuglia nell'ambito delle attività del CRIPAL (Centro Regionale per l'Innovazione della Pubblica Amministrazione Locale), previsto dal PPA dell'Asse I e istituito in data 11 giugno 2009 con Determinazione n. 5 del Direttore dell'Area Politiche per lo sviluppo il lavoro e l'innovazione, rientra esattamente in questo ambito. Questa attività ha contribuito all'attuazione della Linea 1.5 mediante l'individuazione dei "Servizi pubblici della PAL prioritariamente informatizzabili" e, successivamente, delle "Linee Guida Tecniche standard e specifiche tecniche Azione 1.5.2 PO FESR 2007-2013".

Il supporto di InnovaPuglia all'Amministrazione Regionale riguarda anche lo sviluppo della programmazione negoziata con le Aree Vaste che rappresenta lo strumento attuativo scelto dalla Regione Puglia in questa fase per sostenere lo sviluppo e l'innovazione dei Comuni.

Per quanto concerne l'approccio con cui InnovaPuglia procede alla realizzazione dei progetti è opportuno evidenziare come esso sia fortemente sinergico con l'intera strategia regionale che guarda alle imprese ed al loro sviluppo, specialmente quelle più innovative del comparto ICT.

In questa ottica InnovaPuglia prosegue la politica di forte orientamento al mercato, già attuata come Tecnopolis CSATA nell'ambito dei progetti dell'Accordo di Programma Quadro per la Società dell'Informazione, che prevede l'affidamento all'esterno, mediante bandi di gara, delle realizzazioni progettate da InnovaPuglia. Anche nel caso in cui la realizzazione sia portata avanti direttamente dalla Società, viene normalmente affidata a ditte esterne una importante parte delle lavorazioni, stante la ridotta dimensione dell'organico interno di sviluppo software.

Si evidenzia così un importante ruolo della Società che realizza un punto di incontro tra:

• Le esigenze dell'Ente di disporre di sistemi avanzati, progettati e realizzati allo stato dell'arte.
• Le esigenze delle imprese del comparto ICT pugliese di poter realizzare su scala locale importanti volumi di fatturato come risultato delle politiche di investimento del pubblico per migliorare i propri servizi.
• Le ulteriori esigenze delle stesse imprese di essere chiamate a lavorare in un contesto innovativo che le possa spingere a migliorare la qualità della propria offerta, rendendole più competitive in ambito nazionale ed internazionale.  

Proprio questa ultima esigenza è alla base di un'importante focalizzazione della Strategia per l'Innovazione della Regione Puglia che ha InnovaPuglia come principale interprete. Si tratta della strategia per la diffusione dell'approccio Open Source per lo sviluppo del software in un'ottica più di sistema che permetta ad ogni impresa di creare valore aggiunto basandosi su soluzioni condivise che rappresentano un patrimonio comune. Questa strategia vede come controparte il neonato Distretto ICT che raggruppa appunto le imprese del comparto e che ha come mission quello di "fare sistema" tra imprese che ovviamente sono sempre concorrenti sul mercato, ma sono anche consce che la sfida su un mercato sempre più globale si può vincere solo, appunto, facendo sistema.

La decisione quindi di prevedere lo sviluppo diretto da parte di InnovaPuglia di importanti componenti software funzionali alla realizzazione dei servizi nell'ambito della Linea di Intervento 1.5 rappresenta un'ulteriore spinta che l'Amministrazione Regionale dà al comparto, mettendolo in condizione di massimizzare l'apporto di servizi e di proprie soluzioni a valore aggiunto a scapito della pura rivendita di licenze di software.

Nel portafoglio di attività di InnovaPuglia ve ne sono due interamente ascrivibili a questa strategia:

• La realizzazione di una suite integrata di prodotti di protocollo informatico e gestione documentale, basata sul protocollo già sviluppato da Tecnopolis e sull'iniziativa Open Source del CSI Piemonte per la gestione documentale, denominata DoQUI, con cui si sta istaurando una proficua collaborazione basata sulla condivisione delle strategie.
• La realizzazione di un progetto, denominato OS-Egov, di evoluzione in ambienti Open Source delle soluzioni realizzate a suo tempo per il progetto Apulie, finalizzata al sostegno di alcuni servizi infrastrutturali e ai servizi al cittadino di anagrafe e tributi.

In entrambi i casi il risultato del lavoro di InnovaPuglia sarà non solo dei pacchetti software, ma soprattutto l'istituzione di una Community di imprese che potranno liberamente utilizzare questi pacchetti per dare servizi alle Amministrazioni, lavorando nel contempo per migliorarne le funzionalità. Da questo punto di vista questi progetti ormai operativi si possono considerare come un'anticipazione dei contenuti dell'Azione 1.4.2 del PPA Asse I, che prevede il supporto alla crescita e sviluppo di PMI specializzate nell'offerta di contenuti e servizi digitali.

Si salda così un'importante cerniera della strategia complessiva della Regione Puglia tra la parte di sviluppo della Società dell'informazione nella PA (E-Government) e il sostegno all'innovazione delle imprese. 

E' evidente come il pieno sviluppo dell'Asse III (Imprese digitali) e più specificatamente dell'azione "b. Promozione dell'innovazione nelle aziende ICT pugliesi", si baserà proprio su queste prime iniziative.